臺灣自1949年5月20日起實施戒嚴，於1987年7月15日解嚴；金馬則於1992年11月7日解嚴，期間發生許多以「叛亂案」及「匪諜案」為名的政治案件。為辦理戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件之受裁判者/當事人之處理認定，和補償或救濟等事宜，1998年5月立法院制定《戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例》(以下簡稱《補償條例》) ，同年6月17日總統令公布施行，行政院即依法於同年12月設立「財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會」（簡稱「補償基金會」），接受相關受裁判者/當事人或家屬申請補償、回復名譽與關懷撫慰等相關事宜。
《補償條例》於2000年、2002年和2006年歷經三次修訂，補償基金會至2014年9月解散，設立近16年，運作期間共有10,067件申請補償案，其相關補償申請卷宗與文書檔案於2014年12月移轉為國家人權博物館(以下稱本館)典藏檔案。
為有效提升管理此批檔案，從而提供研究者快速查詢與使用，人權館於2007年委託中研院台史所進行整編，參考國際檔案通用標準及檔案編排原則進行；將補償基金會所移交的所有檔案資料視為同一檔案全宗，即為〈補償基金會移交檔案〉(以下簡稱補償檔案)；全宗下再依補償基金會執行業務及其留存的檔案型態，區分5個系列，依序為補償申請卷宗、補償作業檔案、調查史料影本、會議紀錄、研究報告與出版品等。
有關補償檔案所包含的五個系列檔案內容及開放應用範圍與方式，分述如下；另開放應用方式，請詳閱「財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會移撥之卷宗及相關檔案開放應用要點」：
附表：補償檔案及開放應用摘要
| 補償檔案 | 內容簡介 | 開放應用 | ||
| 一般民眾 | 受裁判者本人、親屬及研究者 | |||
| 系列一 | 補償申請卷宗 | 基金會辦理申請補償業務時所產生之行政公文，申請者提供資料、基金會向各機關調用之檔案文件、判決書、案情調查及審核資料、補償決定通知函等文件。 | 可線上查詢詮釋資料、瀏覽公文書影像。 | 線上專案申請，提供遮蔽第三人個資影像檔。 |
| 系列二 | 補償作業檔案 | 基金會查對相關資料，包含通知受裁判者或家屬、未申請案件等資料 | 個資複雜，多行政作業，未開放應用。 | |
| 系列三 | 調查史料影本 | 基金會函請各機關協查、提供相關資料影本，包括案卡、身分簿、裁判書類及各機關清查名冊4類 |
1.整併系列一補償申請卷宗之裁判書類6,285件，提供線上查詢瀏覽。
2.案卡於國家人權記憶庫提供查詢瀏覽。
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| 系列四 | 會議紀錄 | 基金會董事會（董監事會、臨時會等）、審查小組、訴願先行審查委員會、法律研究小組等不同性質會議紀錄 | 含大量親屬關係隱私及個人財產資料，未開放應用。 | |
| 系列五 | 研究報告與出版品 | 收錄補償基金會歷年委託或自行研究的計畫、相關研究報告、及出版品等。共計92種，大多有複本。 | 典藏之外之複本，可於圖書室提供館內閱覽。 | |
系列一為歸檔的補償申請卷宗，內容包括當事人申請書、案件陳述書等申請文件、行文機關調閱檔案之來往公文、各機關函覆公文及檔案文件（如判決書、起訴書、身分簿等）、詢問是否領取其他補償金（二二八事件紀念基金會、冤獄賠償等）公文、補償基金會審查意見表及補償基金會函申請人之領款決定函、領款收據等。
部分受裁判者/當事人或申請者因個別因素，多次向補償基金會提出申請，因此會出現同一位受裁判者/當事人卻有多份卷宗的情形。本網站收錄補償卷宗，計10,067件申請補償案，為利同一受裁判者白恐經歷紀錄研究，經中研院台史所以受裁判者為基準加以整併，共彙整為8,847個案。
補償案當中的文件，依補償業務進行之方法與進程，依序可分為申請、案情調查、審核、補償發放、行政救濟與其他等6類，各類文件如下：
因補償申請卷宗包含大量個人資料訊息，如受裁判者/當事人/申請者/家屬的地址、生日、身分證字號以及補償基數等；因此，本館多次徵詢受裁判者/當事人、學者專家（歷史、法律、政治）與相關部會後，考量檔案開放除必須嚴守個人資料保護規範等現行法規之基礎下進行，更須特別留意避免造成受裁判者/當事人及其家屬的二次傷害。
故此，本網站以綜整建置之詮釋資料提供查詢，影像則進行分離處理及部分開放，原則上將前述第1、2類文件(即「補償申請」、「案情調查」)之公文書列為「一般檔案」提供線上瀏覽影像檔；其中少部分文件可能涉及著作權、隱私權等疑慮，則先暫為保留，未來逐步釐清處理後再行開放。其餘3、4、5、6類則列入「專案申請」，線上申請後審核個別情況後提供數位影像或影本。
系列二為補償作業文件，即補償基金會的叛亂清查作業檔案，內容主要為查核受裁判者的相關資料，與因要件不符、個人資料錯誤無法通知或已通知卻未提出申請等各種情況之補償金申請通知函，及研議就此結案等相關文件。
系列二補償作業，考量涉及較複雜個資問題，且案件脈絡不完整，參考價值較低，故不列入開放應用範圍。
系列三調查史料影本，為補償基金會收存各機關單位提供有關裁判、行刑的史料影本，包括案卡78冊、身分簿144冊（內含1冊總目錄）、裁判書類133冊（內含1冊總目錄）、各機關名冊4冊（仁愛教育實驗所感訓名冊、開釋叛亂犯/感化犯名冊、國防部清查戒嚴時期叛亂暨匪諜審判案件名冊上、下冊），共計359冊。
系列三調查史料影本是補償基金會函請各機關提供資料影本，而前述系列一補償申請卷宗內亦附有裁判相關文件，是由申請人提供或基金會向各機關函調之裁判書類，大部分為影本，但也有少數是受裁判者持有的正本。此兩來源裁判書類具有關聯及重疊性，經中研院台史所進行清查、比對與整併，總計6285件。以書類統計，判決書3,697件最大宗，其次是裁定書1,587件，合計超過八成（84%）；接著是起訴書（包括不起訴處分書）477件、聲請書305件、裁決書105件，最後是辯護書103件；並完成裁判書類數位資料集，使補償基金會移交檔案的典藏內容與脈絡更加清晰。
目前本網站以裁判書字號為案名，提供線上查詢及影像瀏覽；「裁判書數位資料集」於本網站讀者服務區提供下載，除了受裁判者姓名，包含「主文」記載案件審判結果和其裁判罪刑之「法條」依據等。
此外，案卡的影像檔及詮釋資料，則收錄於本館「國家人權記憶庫」的「史料館」提供線上查詢及瀏覽，便於白色恐怖歷史與人物的整合查詢。(詳見： https://memory.nhrm.gov.tw/TopicExploration/HistoricalSpace?Type=%E6%A1%88%E5%8D%A1%E9%A1%9E )
系列四為補償基金會移交的各式會議紀錄，包括董事會（含臨時會）8屆228次紀錄，審查小組8屆485次紀錄，訴願先行審查委員會7屆127次紀錄，法律研究小組200次紀錄，以及補償基金會清算作業會議紀錄、基金會專案小組研討會紀錄、總統府人權諮詢委員會紀錄、補償修正草案條文、法律研究小組議題。
目前考量會議紀錄其內容牽涉各案件補償基數、相關申請人親屬關係討論等個資及隱私，因此除了各補償申請案當事人與家屬，可以專案申請方式取得其卷宗內已納入該案之會議紀錄，其餘未開放申請。
系列五為補償基金會委託或自行研究的計畫報告及相關出版品等，共計92種，已彙整如「研究報告與出版品類清冊」。其中補償基金會《戒嚴時期叛亂暨匪諜案件調查報告》（以下簡稱《調查報告》）輯錄個人資料、裁判資訊、受刑資訊以及補償情形等，有助於白色恐怖時期相關研究或案情了解，故將各案件事件名稱、罪名、審判官、軍事檢察官、書記官、辯護人、羈押日、釋放日/執行死刑日等欄位整併入系列一補償申請卷宗的詮釋資料。
除將部分報告資料綜整於補償卷宗之詮釋資料，便於查閱，另將考量各項研究報告與出版品複本數量，移轉相關機關、館內行政、學術研究使用，並規劃存置於本館圖書室，提供民眾於館內閱覽。
