經由中研院台史所協助整編，將補償卷宗內容文件分為補償申請、案情調查、補償審核、補償發放、行政救濟、其他補償申請無關等六大類。
其中，因具有許多關於個人資料訊息，如受裁判者（或申請者）的地址、生日、身分證字號以及補償基數等，因此，人權館多次徵詢過政治受難者、學者專家（歷史、法律、政治）與相關部會後，考量檔案開放除必須嚴守個人資料保護規範等現行法規之基礎下進行，而此批申請資料，更須特別留意避免造成受難者及其家屬的二次傷害；因此，原則上針對補償卷宗之「補償申請」、「受裁判案情調查」之兩大類文件進行開放瀏覽，僅有少部分文件可能涉及著作權、隱私權等疑慮，則先暫為保留，未來逐步釐清處理後再行開放。
目前針對可開放的文件，進行個資遮掩或分離處理，亦即將受裁判者（或申請者）親屬及其他受裁判者的地址、生日、身分證號、地址、電話進行遮蔽；若確認受裁判者過世，依據個資法可開放其生日、身分證號。同時，透過已建置之詮釋資料，可提供各界運用檔案史料系統，查詢參閱卷宗文件目次及內容，閱覽各卷宗有關受裁判案情的各項公文書。
1.考量受裁判者本人或親屬(當事人死亡或失蹤時，由其配偶或依民法第一千一百三十八條規定之直系血親卑親屬、父母、兄弟姊妹及祖父母等繼承人)對於完整補償卷宗有留存之需求，可至本館網站「補償卷宗申請調閱專區」，瀏覽「補償卷宗目錄」，從目錄中確認擬申請的卷宗，線上勾選並填列申請書，併附親屬關係證明文件後，送出線上申請書。另或下載申請書並在填列完成後送出申請表，可親送、郵寄向本館提出申請（申請書寄送地址：23150新北市新店區復興路131號典藏研究及檔案中心，請於信封註明「補償卷宗申請書」）。
2、審核申請與檔案存取：業務單位接收申請單後，審核相關文件是否齊備，若有需要則通知補件。經權責長官核示後，進行調閱檔案，並依據申請人身分別，進行第三人個資遮蔽作業。作業完成後，匯入系統，或列印紙本並通知申請人。申請人須在通知審核完成後30天內進行瀏覽，並依需求下載存檔。屆滿前得申請延長1次。屆滿30日則下架該次申請之檔案。申請詳情請參閱「補償檔案應用申請流程圖」。
3、目前補償卷宗運用不提供複製、翻拍，亦不接受各式隨身碟、行動硬碟進行讀取，申請者如有需要可利用紙筆抄錄或攜帶筆記型電腦、平板電腦繕打。
中央、地方各級機關(構)、公立大專校院、公營事業機構及行政法人，其法定職掌為研究、出版等事項或其自辦、委辦相關研究專案計畫，需調閱補償卷宗，應備函提出請求，並載明下列事項：1.使用目的。2.調閱案名。3.應用檔案及取件人員。4.使用檔案時，須參照檔案法、政府資訊公開法等相關法律規定辦理，並注意個人資料之保護及他人名譽等人格權之尊重。
